(1) Poslovi iz djelokruga Ministarstva vrše se u okviru sljedećih osnovnih organizacionih jedinica:
Sektor za predškolski, osnovni odgoj i obrazovanje;
Sektor za srednje obrazovanje i obrazovanje odraslih;
Sektor za informatizaciju, međunarodnu saradnju, evropske integracije i pravne poslove;
Sektor za saobraćaj i edukaciju;
Sektor za ekonomske poslove.
(2) U sastavu Sektora za predškolski, osnovni odgoj i obrazovanje predviđeno je da se obavljaju poslovi unutrašnjih organizacionih jedinica: Odjeljenje za predškolski odgoj i obrazovanje i Odjeljenje za osnovni odgoj i obrazovanje.
(3) U sastavu Sektora za srednje obrazovanje i obrazovanje odraslih predviđeno je da se obavljaju poslovi unutrašnjih organizacionih jedinica: Odjeljenje za opće srednje obrazovanje i Odjeljenje za srednje stručno obrazovanje i obrazovanje odraslih;
(4) U sastavu Sektor za informatizaciju, međunarodnu saradnju, evropske integracije i pravne poslove predviđeno je da se obavljaju poslovi unutrašnjih organizacionih jedinica: Odjeljenje za informatizaciju, međunarodnu saradnju i evropske integracije te Odjeljenje za normativno-pravne poslove i harmonizaciju propisa;
(5) U sastavu Sektora za ekonomske poslove predviđeno je da se obavljaju poslovi unutrašnjih organizacionih jedinica: Odjeljenje za finansije i računovodstvo i Odjeljenja za javne nabavke.
(4) Izvan organizacionih jedinica, obavljaju se poslovi sekretara Ministarstva, višeg referenta -tehničkog sekretara, višeg referenta za administrativno-tehničke poslove i višeg referenta - VKV-vozača i pomoćnog radnika za prijem i dostavu pošte – kurir.